La temporada 2008/09 de la Primera B Nacional sufriría algunos cambios en su forma de disputa, no tanto en un solo torneo de 38 fechas, ida y vuelta, todos contra todos.

El formato sería el mismo hasta la fase final, con dos ascendidos directamente a Primera División (el primero -que es el campeón- y el segundo), dos descensos independientemente así los equipos son directa o indirectamente afiliados a la AFA y una reválida para cada lado, una entre equipos directamente afiliados y de la B Metropolitana y otra entre conjuntos del interior y del Torneo Argentino “A”.

Lo que se modificaría serían las promociones, ya que no quedaría como en la última edición para los ubicados tercero y cuarto en la tabla de posiciones. Pues se volvería al sistema del Reducido, quedando por dilucidar cuántos serían los equipos a clasificar para disputar dos chances de ascenso a Primera División.